A ver, vayamos por partes, como dijo Yack el Destripador
1-La cuota no es necesaria acticvarla, se usa en ordenadores multiusuarios para delimitar un espacio de disco a cada uno. Olvídate de eso aunque seas multiusuario.
2- En C: o disco local logicamente irá el sistema operativo con las aplicaciones básicas, como te comenta el compañero, independientemente de la versión que sea. En cambio, la letra de unidad para el disco duro que usaras como secundario puede ser cualquiera, no hay problema. Pero el día que formatees para reinstalar un windows nuevo, esa letra pasará a ser D: (tampoco hay problemas).
Ahí puedes meter cualquier cosa que estimes conveniente. Uséase, la carpeta "descarga o incoming" de tu programa p2p favorito (emule, ares, kazaa, etc), pero tienes que decirle al programa que esa es la carpeta donde irán ahora los archivos que te descargues. Es facil, solo hay que mirar las opciones del programa en cuestion. Tambien puedes crear una carpeta llamada música, ahñí metes lo propio, otra Películas, e idem. Juegos y tal (mas que juegos, las partidas guardadas.)
3-Lo único que un usuario "normal" puede hacer directamente en cuanto a mover archivos se refiere de forma que no queden en su ubicación original, es mover el destino de la carpeta "mis documentos". Si la tienes en el escritorio (es solo un acceso directo sin flecha) le das un clic derecho y elijes "propiedades". Ahí podras ver la ubicacion predeterminada de la carpeta alojada en el disco duro. Puedes cambiar esa ruta a otro sitio de tu eleccion, en tu caso, al disco nuevo (previamente ahí has creado un carpeta con el mismo nombre).
Estas cosas son engorrosas de explicar por aqui, pero si no entiendes algo, me esfuerzo un poco más.
Poir cierto. Hace mil, cuando usaba XP, tenía un programa que lo usaba en el ST para cambiar ciertas cosas del Sistema Operativo, como por ejemplo, los programas que se instalan vayan a otro sitio (que podría servirte pq es mas gráfico) Se llamaba Tweak-XP. Saludos